2013年，芳根京子加盟了同事务所前辈筱原凉子主演的 芳根京子
爱情剧《最后的灰姑娘》，在剧中饰演女主角闺蜜的女儿“武内咲”，并以演员身份正式出道 ；10月，在优香主演的深夜剧《白马王子 纯爱适龄期》里扮演女学生“北凉子”。2014年8月，在吉高由里子主演的NHK晨间剧《花子与安妮》里扮演女主角花子的挚友“宫本莲子”（仲间由纪惠饰）的女儿“宫本富士子” ；9月，首次担任主演的银幕处女作《物置のピアノ》在日本上映 。
2015年6月，芳根京子从1000名以上的应募者中脱颖而出，获得主演TBS电视台金十档校园剧《表参道高中合唱部！》的机会 ；同年，并凭借该剧获得第86届日剧学院赏最佳女主角 和第1届电视剧信心奖最佳新人奖 ；10月，搭档志尊淳联袂出演的漫改爱情电影《前辈和她》在日本上映 。
2016年3月，加盟有村架纯主演的月九档爱情剧《追忆潸然》 ；随后，在富士电视台夏季档播出的SP特别剧《蒙太奇 三亿元事件奇谭》中担任女主角 ；4月，芳根京子四度参与NHK晨间剧女主角的甄选，获得主演晨间剧第95作《别嫔小姐》的机会 。
2017年，搭档中岛健人联袂出演青春群像电影《心灵想要大声呼喊》，饰演言语被封印的女高中生“成濑顺” 。出演6月16日播出的TBS日九档刑侦剧《小小的巨人》 。出演由佐藤祐市执导的电影《累》 ，饰演拥有精湛演技却相貌丑陋的女演员渊累，该片于2018年上映 。
2018年，出演由西岛秀俊主演的电影《椿花散落》在日本上映 。主演一月开播富士台月九剧《海月姬》 。出演冢本连平导演执导新片《今天也是招人嫌的便当》 。
2019年，主演北海道电视台（HTB）成立50周年的台庆剧《请勿转台》 ；3月，凭借《深红累之渊》《椿花散落》获得第42届日本电影学院奖最佳新人奖 。出演电影《记忆使者》 和《打瞌睡的磐音》 。出演富士台七月开播的火九剧《两周》 。
2020年1月20日，参演由古馆宽治和泷藤贤一共同主演的电视剧《古泷兄弟与四苦八苦》播出 。
拥有大大的双眼和翘挺鼻梁的芳根京子被日本主流媒体赞扬是天然美少女 。（腾讯娱乐评）福士苍汰对于首次合作的芳根京子的表演赞不绝口，表示虽然她现在也只有18岁（2016年），但看上去要更年轻。一站在摄影机前就能给出自然而扎实的演出，是集中力很高的优秀女演员 。（搜狐娱乐评）
芳根京子